Le laboratoire Chrono-environnement a été créé le 1er janvier 2008 par la fusion de Chrono-écologie, de l’EA INRA Laboratoire de Biologie Environnementale, de l’EA Géosciences, d’une partie de l’EA Santé et Environnement Rural de Franche-Comté et de l’EA Physiopathologie et Épidémiologie de la Résistance aux Anti-Infectieux.

En 2012, le laboratoire de Chimie-Physique et Rayonnements – Alain-Chambaudet (LCPR-AC) ainsi que le groupe IRMA (Informatics & Radiation Physics for Medical Applications) de FEMTO-ST ont rejoint Chrono-environnement.


Aujourd’hui en janvier 2021, le laboratoire compte 298 membres dont 171 statutaires, 62 doctorants et 65 autres contrats (postdoctorats, CDD, ATER…).